Au XIIIe siècle, l'Estonie est devenue un champ de bataille pour les croisades du Nord, où les chevaliers teutoniques, le royaume de Danemark, et plus tard, la Suède et la Pologne-Lituanie ont cherché à étendre leur influence. Cette période a marqué le début de plusieurs siècles d'occupation étrangère, durant lesquels l'Estonie fut divisée entre différentes puissances.
Le XVIIe siècle a vu l'Estonie passer sous contrôle suédois, période souvent considérée comme un âge d'or en raison des réformes administratives et de l'amélioration du système éducatif. Cependant, au début du XVIIIe siècle, à la suite de la grande guerre du Nord, l'Estonie fut cédée à l'Empire russe. Sous la règle russe, l'Estonie a connu une modernisation et une russification forcée, bien que les revendications nationalistes estoniennes aient commencé à émerger vers la fin du XIXe siècle.
Le 24 février 1918, l'Estonie a déclaré son indépendance de la Russie, mais cette liberté fut de courte durée. La Seconde Guerre mondiale a entraîné l'occupation de l'Estonie par l'Union soviétique, suivie d'une brève occupation nazie, puis d'une seconde occupation soviétique qui a duré jusqu'en 1991. Pendant cette période, l'Estonie a fait face à une russification intense, à des répressions politiques, et à des déportations massives.
Le mouvement vers la souveraineté a regagné du terrain dans les années 1980, culminant avec la restauration de l'indépendance le 20 août 1991, à la suite de l'effondrement de l'Union soviétique. Depuis lors, l'Estonie a entrepris des réformes démocratiques et économiques importantes, rejoignant l'Union européenne et l'OTAN en 2004.